L’insomnie n’est pas qu’une affaire de stress ou de « mauvais sommeil » : des travaux récents suggèrent qu’elle s’accompagne souvent de modifications mesurables du microbiote intestinal, potentiellement liées à l’inflammation, au métabolisme et à certains messagers neurochimiques. Cette revue systématique avec méta-analyse (14 études, 9036 participants) propose une synthèse structurée et met en avant quelques résultats intéressants… tout en rappelant que la causalité n’est pas encore démontrée.
Objectifs : clarifier une association encore floue
Les auteurs partent d’un constat : de plus en plus d’études relient sommeil et microbiote, mais les résultats spécifiques à l’insomnie sont hétérogènes et parfois contradictoires. Leur objectif est de comparer des adultes avec insomnie versus des témoins bons dormeurs sur différents paramètres : diversité du microbiote, sa composition, et essayer d’établir un lien entre sévérité clinique de l’insomnie et marqueurs biologiques (inflammation, métabolites).
Méthode : revue systématique + méta-analyse
La recherche bibliographique a été menée dans huit bases de données (anglaises et chinoises) jusqu’en juin 2025. Les auteurs ont inclus des études observationnelles (cas-témoins, cohortes, transversales) chez des adultes, avec diagnostic d’insomnie basé sur des critères standards (DSM-5, ICSD-3, etc.) ou des questionnaires validés avec seuil, en excluant l’insomnie comorbide secondaire (ex. dépression ou autres troubles du sommeil). Analyse du microbiote par séquençage 16S rRNA.
Résultats : diversité réduite et « signature » bactérienne plausible
1) Moins d’espèces observées
En méta-analyse, le nombre d’espèces observées est significativement plus bas chez les patients insomniaques mais il y a une forte hétérogénéité entre les études. En revanche, dans les analyses poolées disponibles on ne trouve pas de différence significative ce qui pourrait refléter des variations méthodologiques entre études.
2) Beta-diversité : des communautés microbiennes « séparées »
Les analyses de beta-diversité (distance entre microbiotes) convergent davantage : la plupart des études montrent une séparation significative entre groupes insomnie et témoins, selon différents métriques (UniFrac, Bray-Curtis, ANOSIM/PERMANOVA). Dit simplement la “forme” globale du microbiote tend à différer entre insomniaques et bons dormeurs.
3) Composition : quelques espèces reviennent de façon assez consistante
Sur le plan de la classification, les auteurs rapportent des modifications du ratio Firmicutes/Bacteroidetes dans plusieurs études, mais avec des résultats hétérogènes selon les populations et les protocoles. En revanche, certaines associations au niveau des espèces ressortent de façon plus stable dans les méta-analyses : Faecalibacterium et Lachnospira sont significativement diminués, tandis que Blautia et le groupe Eubacterium hallii sont significativement augmentés chez les personnes avec insomnie. Par ailleurs, deux méta-analyses montrent un lien avec la sévérité de l’insomnie et l’abondance de Faecalibacterium (corrélation négative) ou Blautia (corrélation positive).
4) Liens cliniques et biologiques : inflammation, métabolites, paramètres de sommeil
Plusieurs études incluses relient certaines espèces à des paramètres comme la latence d’endormissement, l’efficacité du sommeil ou le sommeil paradoxal. Des associations sont aussi décrites avec des cytokines inflammatoires (ex. IL-6, TNF-α) et des métabolites (ex. phénol/phénol sulfate corrélés à PSQI/ISI dans une étude), suggérant des voies mécanistiques plausibles via l’axe intestin–cerveau.
Pour conclure, intéressant, mais pas encore un test ni un traitement standard
Cette revue conclut qu’une dysbiose est associée à l’insomnie : diversité plus faible, structure communautaire distincte, et modifications reproductibles de certains genres (notamment Faecalibacterium, Lachnospira, Blautia, Eubacterium hallii). Mais plusieurs limites freinent la traduction clinique : forte hétérogénéité des méthodes (prélèvements, bioinformatique, critères d’insomnie), contrôle souvent incomplet de facteurs confondants (alimentation, médicaments, activité physique, comorbidités, paramètres métabolique dont le BMI, pas de prise en compte du désalignement circadien), biais géographique (12/14 études en Chine) et surtout prédominance de designs cas-témoins/transversaux, donc impossibilité de conclure à une causalité (l’insomnie peut aussi modifier l’alimentation et le rythme circadien, qui modifient le microbiote).
Sur le plan pratique, l’article ouvre néanmoins des perspectives intéressantes : mieux phénotyper l’insomnie (sous-types, sévérité, comorbidités) pour rechercher des profils microbiens plus cohérents, standardiser les protocoles microbiote, et mener des essais cliniques rigoureux d’interventions ciblant le microbiote (probiotiques, prébiotiques, approches personnalisées), avant de vouloir proposer des probiotiques « anti-insomnie »
